L3に浮かぶ中立国オーブの資源衛星ヘリオポリスで工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトは、いつものようにゼミを訪れ、そこでコロニーに侵入したザフトによるガンダム奪取作戦に遭遇する。

ヘリオポリスで秘密裏に建造されていた連合初のMSガンダムは5機のうち3機までがザフトの手に落ちた。 避難場所を探していたキラは、 偶然に残る2機のガンダムを目撃する。 居合わせていた連合士官マリュー・ラミアスは、彼を残されていたストライクガンダムの中へ案内しようとしたが、そこにもザフト兵の襲撃が。 …それはキラのかつての親友、アスラン・ザラだった。